Hoe een supermachine bijdraagt aan de strijd tegen kanker
3 min read – De levering van een Z8 workstation G4 aan dr. Fehrmann van het UMCG heeft als doel om met grotere datasets sneller te kunnen rekenen. Hierdoor kan belangrijk onderzoek naar kankertumoren vele malen sneller worden uitgevoerd. B&C heeft in samenwerking met HP deze super workstation werkelijkheid kunnen maken. We gaan in gesprek met dr. R. Fehrmann over de achtergrond van deze bijzondere opdracht.
Een vertrouwde samenwerking
Dr. R. Fehrmann is expert op het gebied van oncologie.
Met zijn theoretische achtergrond in cognitiewetenschappen en engineering (AI) is hij in staat algoritmen, pijplijnen en speciale software te ontwikkelen voor de analyse van wat algemeen bekend staat als ‘big-data’. Door een eerdere samenwerking waarbij B&C een complex vraagstuk in hardware wist te vertalen naar een product, wist dr. Fehrmann ons snel te bereiken.
Rekenkracht en meer rekenkracht
Onderzoek vergt veel data met grote berekeningen. Een gewone computer is niet sterk genoeg om deze berekeningen uit te voeren. B&C heeft in samenwerking met HP een workstation geleverd die 7 keer zoveel gemiddelde rekenkracht heeft. Speciaal ontwikkeld om te voldoen aan de meest zware grafische applicaties, simulaties en rekenmodellen. Gebouwd om dag in, dag uit tot een maximum belast te worden. De zogeheten HP Z8.
Voor de vergelijking normaal bestaat de rekensnelheid uit 4 cores en deze supermachine heeft 2x 28 cores.
Bijzondere specificaties
Het workstation dat we hebben geleverd is de zwaarste in zijn klasse. De samenstelling van twee RTX8000 kaarten zijn perfect voor deep learning trajecten. Wanneer we dit combineren met dubbele CPU’s met 28 cores en voldoende opslag en 1TB aan intern geheugen spreek je met recht van een enorm veelzijdige samenstelling. Of het nu gaat om een calculatie die je zelf uitvoert, of een simulatie; deze machine is gebouwd om 24/7 paraat te staan en te presteren!
Het belang van een patroon
Dr. Fehrmann: “Om de biologie van kanker beter begrijpen werken we met moluculaire data. Met 100.000 samples bij 20.000 genen vinden we bepaalde patronen. Patronen over welke biologie in het lijf aan staat of uit. Des te groter de dataset, des te betrouwbaarder de patronen. Die betrouwbaarheid is belangrijk, omdat je alleen op die manier behandelmethoden kunt aanpassen. Deze oneindige hoeveelheid data maakt een standaard machine ongeschikt; super rekenkracht is nodig – exact waar we het voor gebruiken.”
Terabytes te kort. Waarom is deze Z8 zo bijzonder?
De wiskundige methodes van Dr. Fehrmann werken alleen als alle data in het geheugen staat. Dr. Fehrmann: “Recent hebben we nog een dataset moeten opwerken die bijna de 1 terabyte aan intern geheugen aantikte. Met onze huidige workstation ben je met een goede berekening een maand verder. Die dataset wordt zo ontzettend groot, dat je wel kunt bedenken dat met een simpele computer het onmogelijk is om dit soort berekeningen goed te doen.”
Dr. Fehrmann beschikt nu over een gereedschaps kist om de dataset beter en sneller te ontleden. Volgens Dr. Fehrmann kunnen we het vergelijken met een digitaal labaratorium. De Z8 die wij geleverd hebben is precies dit, een digitaal labaratorium.
